אווירת חנוכה בישיבה מורגשת בצורה מיוחדת: בימי החנוכה אין לימודים במסגרת התיכון, ועל כן הבחורים לומדים לימודי קודש בכל שעות הלימוד ביום. לימוד במסגרת כזו, סוחף אחריו את כל בני הישיבה, אל בית המדרש שוקק החיים.
מספר שבועות קודם החנוכה, מתחילים תלמידי הישיבה בחזרות יסודיות על כל החומר הנלמד בלימודי הבקיאות. החזרות מתבצעות בזמני לימוד הבקיאות, ומלוות במבחנים מקיפים על סוגיות אלו. בסיום החזרות, מתקיים מבחן כולל על כל החומר הנלמד מתחילת שנת הלימודים, ונועד לבדוק מיהם העולים לחידון הפומבי. החידון – שמתקיים במעמד ראש הישיבה שליט"א, הרמי"ם וכל בני הישיבה – הוא אירוע רב רושם: בני הישיבה שעלו לשלב החידון יושבים בקידמת היכל הישיבה, ונשאלים על החומר. השאלות, שמנוסחות על ידי הר"מים שליט"א, עוסקות בשלל נושאים מהסוגיות הנלמדות, תוך ירידה לפרטי פרטים ודרישה לידע בהיר ושליטה מלאה בכל סוגיה וסוגיה. החידון מראה לעין כל, את היקף ידיעות בחורי ישיבת 'נהורא', ואת השקעתם בלימוד, עד כדי ידיעת כל החומר בעל פה.
בליל ראשון ושני של חנוכה, תלמידי הישיבה משתתפים בהדלקת הנרות בבית ראש הישיבה שליט"א. הדלקת הנרות, שנעשית עם צאת הכוכבים, מלווה בשירה וריקודים.
בסיום הדלקת הנרות בבית רה"י, שבים בני הישיבה לתלמודם, עד שעות הלילה בהן מתקיימות מסיבות חנוכה בהשתתפות הרמי"ם. בימי החנוכה מתקיימות בישיבה פעילויות מגוונות ומרתקות. כמו גם הרקדה שמחה להודות על הניסים ועל הנפלאות.