סדר יום כללי
היום בישיבה נפתח בתפילת שחרית בשעה 7:00. לאחר התפילה נאמר דבר תורה קצר מפי אחד הרמי"ם שליט"א, ומיד לאחר מכן בחורי הישיבה הולכים לחדר האוכל, בו מתקיימת ארוחת הבוקר.
ארוחות הבוקר בישיבה הינן מגוונות ומשובחות. על השולחנות בחדר האוכל נפרשים מגוון ממרחים, מעדנים וכדו'.
לאחר ארוחת הבוקר בחורי הישיבה מתפזרים לכיתותיהם, ומתקיימים שיעורי הלכה מפי הרמי"ם למשך כשלשת רבעי שעה. לאחר השיעור מתיישבים כולם במקומותיהם בבית המדרש, ונפתח סדר העיון. בסדר חוזרים כל בני הישיבה על הנלמד בו היום. בזמני הסדרים, היכל הישיבה מתמלא בקולות לימוד ואווירת שטייגען מנסרת את חלל הישיבה. שיעורי העיון של יום האתמול, ואף מכינים את החומר שילמד בשיעור של אות
בסיום סדר העיון שנמשך מעל לשעה וחצי, התלמידים הולכים איש איש לכיתתו, ומתחיל שיעור העיון. שיעורי העיון בישיבה הינם ברמה גבוהה, ונמסרים ע"י רמי"ם מובחרים.
כשתם שיעור העיון, ארוחת הצהריים מוגשת בחדר האוכל, ולאחריה מתקיימת תפילת מנחה. בהפסקת הצהריים, שמתחילה עם סיום תפילת המנחה, מתקיים שיעור רשות באוצר הספרים על הדף היומי ע"י הרב יעקב ישראל רוזנברג שליט"א.
הפסקת הצהריים אורכת כשעה וחצי, ושיעורי התיכון מתחילים מיד בסיומה. לימודי התיכון נמשכים מספר שעות, ובהם לומדים הבחורים מגוון נושאים, כגון מתמטיקה, אנגלית, היסטוריה ועוד רבים. בלימודי התיכון קיימים גם לימודי מגמות, כגון הנדסת תוכנה וניהול מערכות.
לאחר לימודי התיכון מתקיימים שיעורי בקיאות בכיתות, ולאחריהם נערכת ארוחת הערב בחדר האוכל. בתום הארוחה מתחיל סדר הבקיאות, וכלה בתפילת ערבית.
לאחר תפילת ערבית, מתחילה הפסקת הערב, ובד בבד מתקיים "כולל" רשות של הישיבה למשך כארבעים דקות לזכרו של אלי חן ז"ל, בחור מהישיבה שנפטר. בהפסקה ישנם מגוון אפשרויות להנאת הבחורים ולהחלפת כח: מגרשי כדורגל וכדורסל, חדר מוזיקה מפואר, חדר כושר, שולחנות פינג-פונג, ועוד רבים. בסיום הפסקת הערב, בחורי הישיבה נכנסים לפנימיותיהם ובשעת כיבוי האורות – הולכים לישון ומחליפים כח ליום המחר
ליל שישי
ביום חמישי בערב, לאחר תפילת ערבית, נמסרת שיחה מפי ראש הישיבה שליט"א בנושא פרשת השבוע. בסיומה, מתאספים כל בני הישיבה ל'חדר הזיצים', בו מתקיים ה'זיץ' השבועי. שעה של שירי נשמה ורגש, עם דברי חיזוק מרוממים מרה"י, באווירה ייחודית ומרגשת. מספר תלמידים עורכים סיומים על מסכתות שלמדו בהפסקות ובזמנם הפנוי. ולאחר שכל המסיימים אמרו "הדרן עלך", יוצרים בני הישיבה מעגל ורוקדים ריקוד לשמחה של מצווה. בהמשך, נערך בבית המדרש "משמר ליל שישי" כמקובל בישיבות, בו שוקעים בלימוד רצוף בבית המדרש, עד שעת ליל מאוחרת.
מסורת רבת שנים ב'נהורא' היא כי בליל שישי, דלתו של ראש הישיבה פתוחה בפני כל תלמיד לשיחות אישיות. להשיח דאגה או לקבל עצה, לשאול שאלה, לברר נקודה וגם להביע דעה.
שבתות ישיבה
אחת לחודש, נערכת בישיבה 'שבת ישיבה'. שבתות אלו, תורמות רבות לאווירה הלימודים והחברתית של כלל התלמידים והנהלת הישיבה משקיעה משאבים רבים להצלחתן. לעיתים קרובות מוזמן רב או איש חינוך ידוע לשבות את השבת במחיצת התלמידים, והוא אוכל את סעודות השבת בצוותא עם בני הישיבה. שיחה מיוחדת נמסרת בליל שבת לאחר הסעודה, ולאחריה מתקיים סימפוזיון בו מוזמנים התלמידים לשאול שאלות ככל העולה על דעתם. שכן כלל גדול שנו בנהורא: כל המרבה לשאול ולברר בסוגיות האמונה ועבודת ה' – הרי זה משובח. תפילות השבת נערכות בבית המדרש, ובני שיעור ד' מובילים את התפילות וקריאת התורה. סעודות השבת בחדר האוכל, הן הזדמנות לגיבוש התלמידים, כל שיעור ושיעור, וכלל בני הישיבה. בכל סעודה המוגשת ברוב פאר ובטוב טעם כמסורת נהורא, נושא דברים אחד הר"מים בישיבה, ואחד התלמידים המתכבד לומר דבר תורה לפני כל חבריו בני הישיבה.
מסעות לפולין
אחת בשנה, יוצאים בני השיעורים הגבוהים (שיעורים ג' וד') למסע חינוכי בפולין, ללמוד אודות השואה האיומה שפקדה את עצמו בשנות הזעם. לאורך כל החורף הקודם למסע, לומדים התלמידים המתעתדים לצאת למסע, סוגיות משמעותיות הנוגעות למסע. כמו קידוש השם ומסירות נפש, הרוגי מלכות והקפדה על קיום מצוות בשעת הסכנה. גם השתלשלות האירועים במלחמת העולם השנייה, נלמדת בהרחבה כהכנה למסע הגדול.
בסוף חודש אדר, מתקבצים כל חברי המסע בשדה התעופה, וממריאים לפולין לשמונה ימים של עיסוק אינטנסיבי באמונה וזיכרון. לזכור את אשר עשה לנו עמלק, ולהתחזק באמונתנו כבני העם הנבחר. למסע מצטרפים מדריך מקצועי מטעם ארגון 'בעקבות' ואנשי חינוך מצוות הישיבה. גם ראש הישיבה שליט"א טורח ובא מידי שנה למסע. במסע עצמו, לומדים התלמידים גם על יהדות פולין המפוארת, ועל עולמות של עבודת הבורא בערי פולין בטרם עלה עליהם הכורת. המסע עוקב גם אחר התפתחות תנועת החסידות, והתלמידים זוכים לפקוד את ציוניהם של מאורי החסידות, ולהעתיר בתפילה על קברם.